緒戦期に関して言えば、行動調書から搭乗員の氏名を拾っていけば、常用機数と同じ組数＋α、つまり予備の搭乗員は乗艦しているようです。感覚的な話ですが、その数は艦によっても違うように思います。たとえば、真珠湾作戦時の飛龍や蒼龍の艦攻隊は、結構な数の予備搭乗員がいて、真珠湾攻撃には参加していませんが、帰りのウェーキ空襲に参加していることがわかります。
平山

>飛龍や蒼龍の艦攻隊は、結構な数の予備搭乗員がいて、真珠湾攻撃には参加していませんが、帰りのウェーキ空襲に参加している

飛龍　操　7名、偵・電　各4名
蒼龍　操　5名、偵・電　各4名

むろん、これらは行動調書に出てくる人だけですので、これ以上乗っている可能性があります。
なお、12月8日以降、航行中に他艦から移乗したという可能性は少ないと思います。
赤城と加賀に関しては、真珠湾の後はラバウル空襲までまとまった調書がないので、Ｒ作戦時の行動調書からだけでは判断が出来ません。
赤城艦攻隊に関しては、真珠湾攻撃からの帰国後1個中隊が減らされ（翔鶴、瑞鶴も同様）、搭乗員が異動しています。
また、加賀艦攻隊は3個中隊のままですが、17年1月の出撃前に入れ替えがあった可能性があります。
艦戦、艦爆隊については、艦攻隊ほど予備の搭乗員は多くなさそうです。
平山

だいぶ亀ですが、昭和１３年ぐらいの軍令部要求を見ると、艦戦、艦爆、艦攻搭乗員はまず常用分、それが満たせれば補用分、常用と補用いずれも1.2倍が要求されています。昭和15年の母艦部隊の例を見ると、常用機＋補用機分の搭乗員が配置されていますね。
川崎まなぶ

ありがとうございます。「真実」のリンクと合わせて、イメージがつかめました。
マイソフ