多分、横須賀です。
　多分というのは、概ねこれらの駆逐隊を構成する駆逐艦の艦籍は横須賀なのですが、第43駆逐隊の松と梅は舞鶴鎮守府の所属だからです。
　また、第43駆逐隊の編制については1944年7月15日付け内令第865号に第41駆逐隊とともに記されていますが、こちらには所属鎮守府は記載されておりません。
　編制については、神様のような方がおられますので、そちらのほうからのフォローを期待しておりますが、水向けのつもりで記させて戴きます。
　
hush

>>1 hushさん

第六一駆逐隊も横須賀でしょうか？佐世保の可能性はありませんか？
Wikipediaの秋月型駆逐艦の項（駆逐隊の変遷）には横須賀鎮守府のようなことが書いてありますが、
次のようなHPもあるんですよ。

「佐世保東山海軍墓地・後編」
http://www43.tok2.com/home/ptd6557/event187b.html
第二二、二四、二七駆逐隊慰霊碑といっしょに第六一駆逐隊所属艦の慰霊碑の写真がおさめられたHPです。

小生はてっきり、↓の区分けが基本と思い込んでいましたので、>>1の回答には少し疑問を感じました。
（ちなみに↓はバックデータなしでの“思い込み”です。大正7年を境に01〜40の命名規則に変わったのは確認済なのですが、駆逐隊が増えた時代については調べられていません。）
・01〜10、41〜50：横須賀
・11〜20、51〜60：呉
・21〜30、61〜70：佐世保
・31〜40、71〜80：舞鶴

太助

太助様
　御教示多謝。
　なるほどと思って調べましたところ、次のような結果になりました。

　第41駆逐隊　涼月(佐)、冬月(横)、霜月(佐)、宵月(呉)
　第43駆逐隊　松(舞)、竹(横)、梅(横)、桃(舞)、杉(佐)、槙(舞)、楓(呉)、蔦(横)、椎(舞)、桐(横)、榧(舞)、蔦(横)
　第45駆逐隊　朝風(横)、松風(横)
　第52駆逐隊　樫(佐)、檜(呉)、楓(呉)、萩(横)、梨(呉)、樺(舞)、桑(呉)、杉(佐)、樅(横)、楡(佐)
　第53駆逐隊　柿(横)、楠(横)、菫(横)、楢(呉)、桜(呉)、柳(呉)、椿(呉)、欅(横)、橘(横)
　第61駆逐隊　秋月(舞)、初月(佐)、照月(佐)、涼月(佐)、若月(佐)

　未編入、未完成　榎(舞)、初梅(舞)、桂(呉)、初桜(横)、八重桜(呉)、雄竹(佐)、栃(舞)、

　したがいまして、仰られるとおりかと思います。失礼しました。
　
hush

ありがとうございます。
太田