>飛行中の状態を連絡するとか、飛行中の状態に異常がないか自衛隊機から撮影するなどをおこなっているのでしょうか？

その通りです。

>民間機のテスト飛行には基本的にこのような同行が行われるのですか？

MRJの開発には多額の国費が投入されています(試作機への搭載用試験機材等)。国の支援があっても不思議ではありません。推測ですが、JAXA辺りから防衛省へ支援要請が出たんじゃないかと思います。
AP1@50肩

構想、計画段階から国の支援も大きいですね。これから政府もトップセールスに協力すると表明しています。
11月11日（ぞろ目の日ですね）のMRJ初飛行は1時間27分でしたが、試験空域は自衛隊の訓練空域を使っていますね。自衛隊機随伴はそれも含めてのものでしょうね。
MK@2004-