どなたも回答なさらないようなので呼び水代わりに・・・

　茶色というか黄土色っぽい色はフレームとか機体の内側の統一色かと思います。国によって色は違いますが米軍は昔から飛行機の内側をその色で塗ってるそうで、飛行機のプラモデルなんか見るとそんな色が指定されてたりします。

　鮮やかな黄色は塗装じゃなくて防護フィルムじゃないでしょうか？

　材質の違いで色分けすることに意味はありません。船の外板や建物の鉄骨を錆止めで赤茶色に塗ったりするように、結果的にそのようになってしまっている可能性はありますが、作業員にわかりやすくするためにわざわざ色を変えることはしないでしょう。
　青っぽい色も防護用塗装じゃないでしょうか？
おうる

製造時や補修時に誤って組立てたり、配線したりするのを防止する為だと思います。ビルや船舶の外部塗装であれば、サンドブラスト後の下地塗料、防水や防錆塗料、上塗りの化粧塗料を順に塗っていきますが、この際各塗料の色彩を替えることにより内側の層の塗料の塗り残しの発生を防止します。配線や配管も、同じ色彩の電線や菅を結合して誤った接続を防止します。かって、三菱重工で定期検査か補修をしたＦ２が、誤配線のため墜落した事故がありましたね。
この技術、手法は、多少とも複雑な物の製造、建造においては、電線、配管、塗料に限らず、広く採用されています。
ＵＫ

防錆用のプライマーの色です
F35の写真で茶色に見えているのは、組み立て時の保護用のカバーのようですが．．．．
とりあえず