１．魚雷の再装填はしない設計なので、余分なスペース削減のために前から装填する（予備の魚雷を保管するスペースや整備をするスペースは無い）
２．自動装填装置の都合で前から装填している（魚雷発射管室内で魚雷を人手であちこち動かせるような設計になっていない）
３．機器類やハッチの配置の都合で魚雷搭載用のハッチを設けられず、前から装填するしかない

たぶん上記１〜３のいずれかだと思います．
α

　質問がどの時代の潜水艦についてなのか限定してないので解答として適切かどうかわかりませんが、ＷＷ２当時のＵボート等は洋上補給もあったので甲板から入れていましたよ。
おうる

>全長が短いから甲板からは不可能

逆です。

魚雷室を省略して全長を短くするため、艦外装填式発射管を採用するのです。

ＵボートVIIＡ型（艦尾発射管が艦外装填方式）は、VIIＢ型（艦内装填方式）より全長を２メートル強短くすることが出来ています。

質問文には時代を書いて下さいね。

しゃるほ